С 2007 года на нефтепромыслах Юганскнефтегаза в результате аварий образовалось более 400 гектаров нефтезагрязненных земель.
Ханты-Мансийская межрайонная природоохранная прокуратура проверила, как рекультивирует нефтезагрязненные земли «РН-Юганскнефтегаз».По информации пресс-службы природоохранной прокуратуры, в 2008 году на трубопроводах предприятия зарегистрировано 2443 аварии, за девять месяцев 2009 года 1644 аварии. С 2007 года на нефтепромыслах Юганскнефтегаза в результате аварий образовалось более 400 гектаров нефтезагрязненных земель. Только на территории Нефтеюганского района в 2009 году было загрязнено более 80 гектаров. В 2008 году Юганскнефтегаз предъявил к сдаче 126 гектаров, однако комиссией было принято лишь 28,72 га. Основной причиной отказа в приеме земель была их ненадлежащая рекультивация и непригодность для дальнейшего использования. В 2009 году к сдаче представлено 45 га рекультивированных земель, однако решений о приемке земель комиссией не принималось. По факту ненадлежащей рекультивации, невыполнения реконструкции трубопроводов, генеральному директору Юганскнефтегаза внесено представление об устранении нарушений закона. Также проверка выявила нарушения Юганскнефтегазом требований природоохранного законодательства при ликвидации последствий разливов нефти, произошедших в результате отказов нефтегазопровода Мало-Балыкского месторождения. С 2008 года по июнь 2009 года на нем произошло 12 порывов с выходом водонефтяной эмульсии в окружающую среду. Общая площадь загрязнения земель, а также расположенного вблизи трубопровода безымянного озера превысила 24 тыс. кв.м., в том числе земель лесного фонда на площади 16 тыс. кв м. По расчетам специалистов Нефтеюганского отдела департамента охраны окружающей среды и экологической безопасности Югры, количество нефти, содержащейся на нефтезагрязненном участке в районе трубопровода Мало-Балыкского месторождения, составляет 197,46 тонн. На основании результатов лабораторных исследований, проведенных аккредитованной лабораторией ФГУ «ЦЛАТИ по УрФО» по ХМАО, содержание нефтепродуктов в почве на загрязненном участке превышает фоновые показатели в 370,3 раза, в воде озера в 38 раз. Вместе с тем, несмотря на то, что порывы на трубопроводе происходят с 2008 года, необходимые мероприятия очистке Юганскнефтегаз не производит.17 ноября 2009 года природоохранной прокуратурой в Нефтеюганский районный суд заявлен иск с требованием обязать «РН-Юганскнефтегаз» произвести рекультивацию нарушенных земель.