В 1990 году он начал службу в качестве епископа.
Для Тобольской митрополии 2015 год является юбилейным — четверть века назад была возрождена Тобольско-Тюменская епархия. В ноябре 1990 года она получила правящего епископа, которым стал Димитрий, ныне — митрополит Тобольский. Тогда же, в ноябре 1990 года он был назначен ректором Тобольской духовной семинарии.
«Мне запомнился день приезда в Тобольск, — рассказала митрополит Димитрий. — Это было 9 ноября, нужно было где-то переночевать в епархии, а условия тогда были совершенно другими, нежели сейчас. Мне сказали, что есть место в тюрьме. Говорю: „Так я ничего не совершил!“ Тогда предложили место на кладбище. В кладбищенском домике я и провел свою первую ночь в Тобольске».
Митрополит отметил, что мало кому 25 лет назад верилось, что епархия будет процветать, расти, превратится в митрополию. По его словам, первые годы были очень тяжелыми. Семинария только открылась, воспитанников было 30−40 человек, это немного по сравнению с нынешними 400, но и их сложно было прокормить. «Начинается обед, а у нас хлеба нет. И вдруг приезжает человек и помогает. Господь все устроил. То, что невозможно человеку, возможно Богу. Сейчас радуешься за Тюменский край, храмы построены почти в каждом городе, крупном поселке, цифра приближается к 300. Растет число духовенства — сегодня это около 300 человек. Мы видим благоразумный подход тюменских властей, их желание сохранить традиции, культуру, веру», — заявил митрополит Димитрий.
В этом году празднуется 25-летие возрождения епархии в нашем регионе, хотя история ее начинается в 17 веке. Она была учреждена в сентябре 1620 году и стала первой православной епархией в Сибири. Скоро она превратилась в самую обширную епархию в России, а в 1667 году Тобольске была учреждена митрополия, включавшая в себя территорию Урала, Сибири, Дальнего востока.
После революции епархия прекратила свое существование, церкви были закрыты. Их открытие произошло лишь в конце войны. Тобольская епархия была возрождена решением Архиерейского Собора в январе 1990 года, в 2013 году ей присвоен статус митрополии.