Приказом Главного управления государственного таможенного контроля при Совете Министров СССР за № 61 от 22 марта 1990 года в городе Кургане был создан таможенный пост Магнитогорской таможни. Своего помещения тогда не было, и таможенный пост размещался в здании УТЕПа, арендуя небольшой кабинет.
В августе 1992 года Курганский таможенный пост Магнитогорской таможни был преобразован в Курганскую таможню. Необходимость этого была вызвана тем, что резко возросло количество участников ВЭД (их было уже более 100), увеличились и объемы перемещаемых товаров и транспортных средств. Было создано 12 отделов по разным направлениям работы таможни.
Обустройство и таможенный контроль на границе — это необходимая мера по защите экономических интересов нашего государства. Изучив обстановку на границе с Казахстаном таможенники внесли предложение о создании пяти таможенных постов: Петуховского, Звериноголовского, Целинного, Макушинского и Половинского. Были открыты пять автопереходов на границе с Казахстаном.
Стали действовать передвижные пограничные группы таможенного контроля, главной задачей которых было установить контроль за автотранспортными средствами и грузами, пересекающими границу вне пункта пропуска. Вскоре были созданы отряды быстрого реагирования, которые осуществляли контроль между пунктами пропуска и обеспечивали безопасность таможенников работающих на выездных пунктах контроля. В январе 1993 года был создан Шадринский внутренний таможенный пост.
Как сообщили корреспонденту интернет-газеты «Вслух.Ру» в пресс-службе Уральского таможенного управления, в настоящее время в зону деятельности таможни входят 2 железнодорожных и 4 автомобильных пунктов пропуска. В 2001 году под таможенным контролем через границу проследовало более 20 тысяч тонн грузов, 500 тысяч единиц транспортных средств, оформлено более 10 тысяч грузовых таможенных деклараций и свыше 500 тысяч физических лиц. В бюджет государства перечислено свыше около 260 миллионов рублей.
Коллектив интернет-газеты «Вслух.Ру» поздравляет сотрудников Курганской таможни с Днем рождения и желает им здоровья, счастья и благополучия.